Das Geschäftsprüfungsaudit ist ein Instrument der parlamentarischen Oberaufsicht der GPK. Es handelt sich um eine Organisationsanalyse, welche die Zweckmässigkeit der politischen und betrieblichen Steuerung bei einzelnen Verwaltungseinheiten des Bundes überprüft.
Wie ein ärztlicher Check-up misst das Geschäftsprüfungsaudit der Verwaltungseinheit den Puls und beurteilt die vorhandenen Instrumente für die Planung, Durchführung und Überprüfung der politischen Auftragserfüllung. Die Untersuchung folgt dabei dem Modell des Steuerungskreislaufs.
Das Geschäftsprüfungsaudit erfasst Stärken und Schwächen der Führungs- und Steuerungsprozesse. Es kann beispielsweise sichtbar machen, dass die Verwaltungseinheit vom Bundesrat keinen klaren Auftrag erhalten hat, dass auch auf Stufe der Verwaltungseinheit keine klaren Prioritäten gesetzt werden, dass viele Prozesse nicht dokumentiert sind und interne Schnittstellen zu Verzögerungen führen. Umgekehrt kann das Geschäftsprüfungsaudit vorbildliche Steuerungspraktiken identifizieren, bei welchen klare Ziele gesetzt werden, deren Erreichung periodisch kontrolliert wird. Es kann aufzeigen, dass die erhobenen Steuerungsinformationen auf den verschiedenen Führungsstufen für Entscheide genutzt und stufengerecht an die nächst höhere Ebene weitergeleitet werden.
Mit der Überprüfung der politischen und betrieblichen Steuerung einzelner Verwaltungseinheiten leistet das Geschäftsprüfungsaudit einen Beitrag zu den Zielen der Oberaufsicht der GPK: Es stärkt die demokratische Verantwortlichkeit der untersuchten Verwaltungseinheit, der Departementsleitung und des Bundesrates, macht das Verwaltungshandeln transparent und fördert die Früherkennung eines politischen Handlungsbedarfs.
Die Entwicklung dieses Instruments geht auf einen Auftrag der GPK aus dem Jahre 2006 zurück. Die GPK waren bestrebt, ihr Kontrollinstrumentarium mit einem betriebswirtschaftlich ausgerichteten Instrument zu ergänzen, das weitgehend standardisiert ist und mit einem mittleren Aufwand angewandt werden kann.