Alle Geschäfte werden nacheinander von beiden Räten behandelt. Die Ratsvorsitzenden legen jeweils fest, welcher Rat ein Geschäft zuerst behandelt (Erstrat). Danach tagt die vorberatende Kommission. Ist es eine Kommission des Nationalrates, bezeichnet sie zwei ihrer Mitglieder als Berichterstatterinnen oder Berichterstatter deutscher und französischer Sprache. Im Ständerat gibt es nur eine Berichterstatterin oder einen Berichterstatter.
Zuerst eröffnet die Präsidentin oder der Präsident die allgemeine Eintretensdebatte. Es folgt die artikelweise Beratung (Detailberatung). Werden die Anträge der Kommission im Rat nicht bestritten, gelten sie stillschweigend als angenommen. Jedes Ratsmitglied kann Änderungsanträge stellen. Hat der Rat alle Artikel mit oder ohne Änderungen angenommen, schreitet er zur Gesamtabstimmung.
Gibt es zwischen den beiden Räten Differenzen, kommt es zum Differenzbereinigungsverfahren. Bestehen nach drei Beratungen in jedem Rat noch immer Differenzen, so wird eine Einigungskonferenz eingesetzt. Diese hat eine Verständigungslösung zu suchen.
Sobald die Beschlüsse der beiden Räte übereinstimmen, wird in beiden Räten in der letzten Sitzung der Session eine Schlussabstimmung durchgeführt, sofern es sich um eine Verfassungsänderung, ein Gesetz, einen Bundesbeschluss, der dem obligatorischen oder fakultativen Referendum untersteht, oder eine Verordnung der Bundesversammlung handelt.
Beschliesst ein Rat zweimal, auf eine Vorlage nicht einzutreten, wird diese von der Geschäftsliste der Bundesversammlung gestrichen.
Ist Eintreten beschlossen, können die Räte eine Vorlage ganz oder teilweise an den Bundesrat oder an die Kommission zur Überprüfung und Änderung zurückweisen.