En trafic marchandises, la réforme des chemins de fer 1 accorde depuis 1999 le libre accès au réseau. La 2e phase de la réforme des chemins de fer vise à inscrire dans le droit suisse les deux premiers paquets ferroviaires de l'UE, ce qui garantira un accès au réseau non discriminatoire, également du point de vue juridique. L'instance qui octroie les sillons (« slots ») aux compagnies de chemins de fer sera dotée d'une nouvelle base : Sillon Suisse SA n'aura plus besoin d'être la filiale des chemins de fer CFF, BLS et SOB ni de l'Union des transports publics. Elle pourra en effet devenir un organisme de droit public de la Confédération.