En juin 2001, la Suisse et l'Union européenne (UE) décidaient d'ouvrir de nouvelles négociations bilatérales sur dix thèmes en tout. Les sept premiers sont des «Left overs», c’est-à-dire des questions qui n'ont pas pu être traitées lors des dernières négociations et pour lesquelles la Suisse et l'UE se sont engagées, dans l'acte final des accords bilatéraux I, à entamer des négociations. Les thèmes de la fiscalité de l’épargne et de la lutte contre la fraude correspondent à des demandes de l’UE, le thème Schengen/Dublin à une demande de la Suisse.

En juin 2004 les Accords bilatéraux II ont été conclus dans le sillage des Accords bilatéraux I de 1999. Ils marquent la continuation de la voie bilatérale sur laquelle la Suisse s’est engagée après le rejet d’une adhésion à l’Espace économique européen (EEE). Cette voie consiste pour la Suisse à défendre ses intérêts et à régler les problèmes concrets dans ses relations avec l’Union européenne (UE) de manière pragmatique par la négociation d’accords bilatéraux.

Le Conseil fédéral a décidé d’ouvrir la procédure de consultation sur les accords bilatéraux II entre la Suisse et l’UE. La consultation s'est terminée le 10 septembre 2004. Pour les cantons, le délai a été prolongé jusqu’au 17 septembre.