Les premiers contacts entre les deux assemblées ont été établis au début des années 90. En 1990, deux parlementaires américains, MM. Charlie Rose (Chambre des représentants) — qui occupait à l’époque les fonctions de président de l’AAN — et Bill Roth (Sénat), lançait le programme de séminaires et de conférences qui porte leur nom et qui avait pour objet d’approfondir la coopération avec les parlements d’Europe centrale et orientale. Par la suite, elle a élargi ce cercle aux pays Neutres et autres participants au Partenariat pour la Paix.
Ainsi, depuis 1993, l’AAN a invité de manière ad hoc des représentants de notre Parlement à envoyer des délégations à certaines manifestations qu’elle organisait, principalement des séminaires. A chaque fois que cela était possible et que les thèmes traités étaient d'intérêt, les bureaux y ont délégué les présidents des Commissions de politique de sécurité. C’est à l’occasion de la session annuelle de l’AAN qui a eu lieu à Paris en 1996 que l’Assemblée fédérale a, pour la première fois, été invitée à participer à une réunion plénière en tant qu’observatrice. En mars 1997 à Genève, le Parlement suisse organisait conjointement avec l’AAN un séminaire consacré au thème des neutralités en Europe, de leur sens et de leur avenir. Par la suite, l’Assemblée fédérale a participé systématiquement aux sessions, ainsi qu’à la plupart des séminaires organisés par l’AAN, respectivement par l’AP OTAN. A chaque fois, ce sont les présidents ou des membres des Commissions de politique de sécurité qui ont représenté l’Assemblée fédérale.
La Suisse occupe depuis le 31 mai 1999 le statut de membre associé auprès de l’AP OTAN. Ceci résulte d’une initiative des présidents des Commissions de politique de sécurité, l’ancien Conseiller national Jean-Pierre Bonny et l’ancien conseiller aux Etats Eric Rochat acceptée par les bureaux de l’Assemblée fédérale au début février 1999. En mars 2000 à Montreux, l’Assemblée fédérale organisait conjointement avec l’AP OTAN un second séminaire consacré à la participation de militaires aux opérations civiles et humanitaires. Le 15 février 2002, la conférence de coordination de l’Assemblée fédérale décidait, sur requête des présidents et vice-présidents des Commissions de politique de sécurité, d’élargir la Délégation parlementaire suisse de deux à quatre membres. Cette demande visait deux objectifs: d’une part, couvrir l’ensemble des travaux des commissions de l’AP OTAN, et d’autre part, de garantir une certaine continuité dans le suivi des dossiers et dans les contacts avec les autres délégations. Dans le cadre de l’élaboration de la nouvelle loi sur le Parlement ainsi que des actes législatifs qui y sont liés, la « Délégation AP OTAN » est devenue une délégation permanente de l’Assemblée fédérale.
Membre associé
En sa qualité de membre associé, la délégation suisse peut prendre part à presque toutes les activités des commissions et sous-commissions, à tous les séminaires et ceux relevant du Dialogue méditerranéen ainsi qu’aux sessions plénières. Durant celles-ci, les membres associés peuvent présenter des résolutions et déposer des amendements aux résolutions. Leurs délégués peuvent faire office de rapporteurs associés spéciaux au nom d’une commission, de manière à faire valoir leurs points de vue dans les rapports de l’Assemblée. Ils ne peuvent toutefois ni voter sur les rapports ou les résolutions ni élire les dirigeants de l’AP OTAN. Ils ne contribuent pas non plus au budget de cette dernière. En tant que pays neutre, la Suisse ne peut et ne veut être membre à part entière de l'Assemblée.