Par 15 voix contre 10, la commission soutient au vote sur l’ensemble l’arrêté fédéral 3 (AF 3) du paquet Suisse-UE (26.023) dans une version modifiée. Une minorité est certes favorable, dans l’ensemble, au développement des échanges commerciaux, mais refuse le lien étroit avec l’UE qui en découle. Elle rejette donc l’ensemble du projet et propose de ne pas entrer en matière.
Avant d’entamer la discussion de fond, la commission s’est fait présenter les résultats des nombreux mandats d’examen qu’elle avait confiés à l’administration à sa dernière séance d’octobre.
Des divergences avec les décisions du Conseil des États sont apparues lors de l’examen sur le fond de la nouvelle loi sur les denrées alimentaires. Ainsi, la CSEC-N propose, par 15 voix contre 8 et 2 abstentions, de maintenir l’obligation d’indiquer le pays de production afin de conférer un avantage concurrentiel aux producteurs et productrices suisses (art. 12 du projet de loi sur les denrées alimentaires). Une minorité a en revanche demandé, comme le Conseil des États, de renoncer à cette indication afin de réduire la charge administrative pour les producteurs et productrices. En matière de poursuite pénale, la commission s’est ralliée au projet du Conseil fédéral par 14 voix contre 9, et s’est prononcée en faveur d’un élargissement des compétences de l’Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (art. 85 du projet de loi sur les denrées alimentaires). Une minorité souhaite, à l’instar du Conseil des États, s’en tenir au droit en vigueur et ne pas élargir ces compétences.
La commission a approuvé certaines propositions à l’unanimité. Le Conseil fédéral devrait ainsi pouvoir accorder aux exploitations actives dans la production primaire ainsi qu’à celles dont l'activité présente un risque faible des exceptions à l’obligation d’autorisation et de notification (art. 11 du projet de loi sur les denrées alimentaires). La commission a également adopté à l’unanimité une proposition visant à ajouter les matériaux destinés à entrer en contact avec l’eau potable à la définition des objets usuels dans la nouvelle loi sur les denrées alimentaires, et à fixer les exigences découlant de cet ajout. Celui-ci est essentiel pour garantir que la protection de la santé ne soit pas compromise dans le domaine de l’eau potable (art. 5, 22a [nouveau] et art. 33 du projet de loi sur les denrées alimentaires).
La commission a adopté une modification de l’art. 21, al. 3, du projet de loi sur la protection des animaux, conférant de façon explicite au Conseil fédéral la compétence d'édicter, par voie d'ordonnance, des dispositions plus restrictives en matière de protection des animaux. Cela permet de garantir que la Suisse puisse maintenir de manière souple et efficace ses exigences élevées conformément au protocole sur la sécurité des aliments. En parallèle, la commission a rejeté, par 13 voix contre 12, une proposition visant à inscrire dans la loi l’interdiction de l’abattage rituel. Une minorité souhaite inscrire cette interdiction dans la loi.
La CSEC-N s’est par ailleurs ralliée au Conseil des États et a rejeté une proposition concernant l’exception à la possibilité de demander la qualité de partie dans le cadre de procédures concernant les produits phytosanitaires (par 16 voix contre 9 ; art. 160b LAgr) et une proposition visant à reprendre les règles de l’UE relatives au monitoring des eaux (par 16 voix contre 8 et 1 abstention, art. 9 et 27 LEaux). La majorité de la commission ne souhaite pas aborder ces modifications dans le cadre du paquet Suisse-UE, car elles ne figurent pas non plus dans le projet initial du Conseil fédéral et ne sont pas liées au protocole relatif à la sécurité des aliments. Plusieurs minorités souhaitent remplacer la réglementation actuelle concernant la qualité de partie par une exclusion expresse du droit de recours des organisations prévu par la loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage, voire supprimer purement et simplement cette réglementation. Une autre minorité souhaite aligner les prescriptions et principes en matière de monitoring des eaux sur ceux de l’UE.
La commission a par ailleurs décidé, par 15 voix contre 10, de ne pas introduire de renvois statiques à des actes juridiques de l’UE dans les notes de bas de page de l’AF 3, tel que le souhaite le Conseil des États. Le Conseil des États, ainsi qu’une minorité de la CSEC-N, exigent que toutes les modifications apportées aux actes juridiques de l’UE que la Suisse doit reprendre soient approuvées par le Parlement. La majorité de la commission estime que ces renvois statiques ne sont pas nécessaires et souhaite s’en tenir à la répartition des compétences entre le Conseil fédéral, le Parlement et l’administration dans le cadre de la reprise dynamique du droit.
La CSEC-N a en outre discuté de la clause référendaire du projet relatif à la sécurité des aliments. Par 14 voix contre 11, et en accord avec le Conseil des États, la CSEC-N a décidé de soumettre l’arrêté fédéral au référendum facultatif (art. 2 et 3, AF 3). Une minorité souhaite que l’approbation du protocole relatif à la sécurité des aliments soit soumise à un référendum obligatoire.
Enfin, la commission a adopté, par 20 voix contre 2 et 3 abstentions, une proposition visant ce que l’arrêté fédéral ne soit publié dans la Feuille fédérale qu’après l’adoption définitive des Bilatérales III (art. 3 AF 3). La publication n’aura donc lieu qu’après l’approbation définitive des accords par le peuple et les cantons, ou par le peuple uniquement, ou à l’expiration du délai référendaire. Une minorité s’oppose à ce report.
L’arrêté fédéral 3 relatif à la sécurité des aliments est désormais prêt à être examiné par le Conseil national.
La commission a siégé les 12 et 13 novembre 2026 à Berne, sous la présidence du conseiller national Roman Hug (V, GR) et, pour partie, en présence de la conseillère fédérale Elisabeth Baume-Schneider, cheffe du DFI.