Un punto che rimane controverso è quello dell'impiego delle eccedenze non pianificate. Il Nazionale, allineandosi al disegno governativo, vorrebbe attribuire a una riserva speciale i due terzi dell'utile derivante dalle offerte ordinate congiuntamente dalla Confederazione e dai Cantoni che non sono state messe a concorso. Gli Stati spingevano invece per concedere un terzo a tale riserva e un terzo all'indennità dell'anno seguente, lasciando l'impresa decidere autonomamente sull'impiego dell'ultimo terzo.
Oggi i "senatori", seguendo la commissione preparatoria, hanno accolto per 34 voti a 8 una nuova versione, secondo cui alla riserva speciale va assegnata la metà delle eccedenze. Essa può essere impiegata soltanto per coprire le future perdite connesse alle offerte ordinate da Confederazione e Cantoni, ha spiegato il relatore Hans Wicki (PLR/NW), parlando di "soluzione salomonica". Alle imprese rimarrà l'altra metà.
Scettica la consigliera federale Simonetta Sommaruga, secondo cui non sarebbe opportuno diminuire la parte per la riserva speciale. "Usciamo dalla pandemia e ci troviamo attualmente in una crisi", ha ricordato, un'argomentazione che però solo la sinistra ha seguito.
Per quanto riguarda il margine di autonomia delle aziende nel determinare la computabilità di costi e proventi, è stato pure approvato, per 39 a 2, una sorta di compromesso. Esso prevede di definire in modo chiaro una nuova eccezione per le prestazioni al di fuori del trasporto di viaggiatori concessionario.
Non c'è invece stato dibattito sulle altre divergenze ancora esistenti, per le quali gli Stati si sono schierati tacitamente con il Nazionale. In particolare, per quel che concerne la decisione di aggiudicazione degli appalti nelle offerte di trasporto, per determinare quella più vantaggiosa dovranno essere presi in considerazione non solo i fattori come la qualità e i costi, ma anche la "sostenibilità", termine che sostituisce quello di "compatibilità ambientale" scelto dai senatori nel corso della prima lettura.
La modifica di legge è nata sulla scia di due scandali. La compagnia ferroviaria bernese BLS e la sua filiale Busland sono state chiamate a restituire 49 milioni di franchi alla Confederazione e ai Cantoni interessati (BE, NE, FR, LU, SO, VS), poiché fra il 2012 e il 2018 hanno percepito sussidi troppo elevati nel traffico regionale viaggiatori e nel trasporto locale. Le due imprese non avevano calcolato nelle domande di indennità ricavi per l'abbonamento metà prezzo provenienti dalla comunità tariffaria "Libero".
Il caso AutoPostale era invece emerso quando l'Ufficio federale dei trasporti (UFT) aveva scoperto che tra il 2007 e il 2015, l'azienda aveva realizzato utili nel traffico regionale viaggiatori grazie a sovvenzioni e li aveva trasferiti verso altri settori. Dal punto di vista finanziario, la vicenda è conclusa: AutoPostale ha restituito alla Confederazione, ai Cantoni e ai Comuni circa 205 milioni di franchi. Tutti i membri della direzione sono inoltre stati costretti a dimettersi.