La CAPTE-S ha rinviato l'entrata in materia sul messaggio concernente la ratifica del Protocollo su acqua e salute della Convenzione del 1992 sulla protezione e l'utilizzazione dei corsi d'acqua transfrontalieri e dei laghi internazionali (04.070). Essa chiede al Consiglio federale di indire una vera e propria procedura di consultazione poiché ritiene che l'audizione dei laboratori cantonali non sia sufficiente. La durata di una siffatta procedura varia da sei a nove mesi.
La CAPTE-S ha inoltre preso conoscenza del rapporto del Consiglio federale redatto in risposta al postulato 01.3211 CAPTE-N "Impianti idroelettrici di valore storico". Essa considera che l'obiettivo del postulato sia stato raggiunto, ma continuerà nondimeno a seguire il tema del deflusso residuale. Il postulato chiedeva il riesame dei deflussi residuali previsti nell'articolo 80 della legge federale sulla protezione delle acque, al fine di garantire il mantenimento in servizio delle piccole centrali idroelettriche di valore storico, in particolare i mulini.
Il 19 febbraio 2004 la CAPTE-S ha deciso di elaborare un'iniziativa della Commissione al posto dell'iniziativa Epiney (03.407), che è stata ritirata. Il progetto di iniziativa, che definiva i principi fondamentali, è stato adottato il 25 maggio 2004: 04.435 Iv. Pa. Deflusso residuale minimo (CAPTE-S). Il 22 novembre 2004 una delegazione della CAPTE-S ha presentato l'iniziativa alla commissione omologa del Consiglio nazionale, la quale le ha dato seguito con 12 voti contro 9 e un'astensione. Dal canto suo il 9 novembre 2004 la CAPTE-S ha sospeso l'esame della mozione del Consiglio nazionale 03.3096 "Legge federale sulla protezione delle acque. Revisione (Speck)", fino al concretamento di detta iniziativa. Nel frattempo la Federazione svizzera di pesca ha lanciato un'iniziativa popolare in tale ambito. La CAPTE-S ha pertanto incaricato l'Amministrazione di redigere un rapporto in cui si confrontano i due testi (iniziativa popolare e iniziativa della Commissione) e si analizza la fondatezza delle proposte dell'Associazione svizzera di economia delle acque. L'obiettivo consiste nell'elaborare le possibili varianti, tenendo in considerazione sia i legittimi interessi dei pescatori che quelli degli esercenti delle centrali idroelettriche.
La Commissione si è riunita il 27 gennaio 2005 a Berna sotto la presidenza del consigliere agli Stati Rolf Büttiker (RL/SO).