Die Kommission hat sich vor dem Hintergrund der aktuellen Beziehungen zwischen der Schweiz und der EU mit dem zweiten Schweizer Beitrag an die erweiterte EU beschäftigt. Sie hat insbesondere intensiv über die politischen Zusammenhänge zwischen den Kohäsionszahlungen, der nur befristet gewährten Börsenäquivalenz und dem institutionellen Rahmenabkommen diskutiert. Im Anschluss an die Diskussion ist die Kommission mit 15 zu 10 Stimmen auf die beiden Bundesbeschlüsse eingetreten.
Wie auch der Ständerat ist die Kommission der Ansicht, dass der zweite Schweizer Kohäsionsbeitrag von der Verbesserung der Beziehungen zur EU abhängig gemacht werden soll. In Ergänzung der ständerätlichen Version beantragt die Kommission, dass Verpflichtungen aufgrund dieser Rahmenkredite erst eingegangen werden dürfen, wenn die Vollassoziierung der Schweiz an Horizon Europe gewährleistet ist und die EU die Börsenäquivalenz der Schweizer Börse unbefristet gewährt sowie keine weiteren diskriminierenden Massnahmen gegen die Schweiz erlässt.