​Die GPK sind unterteilt in ständige Subkommissionen mit den sieben eidgenössischen Departementen, der Bundeskanzlei und den eidgenössischen Gerichten als Sachbereichen. Im Allgemeinen führen die Subkommissionen im Auftrag der GPK die eigentliche Untersuchungstätigkeit (z.B. Anhörungen) aus und erstatten darauf der beschlussfassenden Plenarkommission Bericht. Es ist Sache der Plenarkommissionen, die an die Behörden gerichteten Berichte und Empfehlungen zu verabschieden. Zuweilen werden Ad-hoc-Arbeitsgruppen zur Prüfung einzelner Untersuchungsgegenstände eingesetzt.

Subkommissionen des Nationalrates

Subkommission EDA / VBS

Subkommission EFD / WBF

Subkommission EDI / UVEK

Subkommission EJPD / BK

Subkommission Gerichte / BA

Subkommissionen des Ständerates

Subkommission EDA / VBS

Subkommission EFD / WBF

Subkommission EDI / UVEK

Subkommission EJPD / BK

Subkommission Gerichte / BA

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