- Steuerprivilegien für Firmen mit kantonalem Steuerstatus werden abgeschafft. Betroffen sind rund 24'000 Unternehmen, die rund die Hälfte zu den Gewinnsteuereinnahmen des Bundes beitragen.
- Anteil Bundessteuer: Die Kantone erhalten künftig 21,2 Prozent der direkten Bundessteuer. Bisher betrug ihr Anteil 17 Prozent. Die Kantone bekommen damit finanziellen Spielraum für Steuersenkungen für Unternehmen.
- Patentbox: Die Erträge aus Immaterialgüterrechten und vergleichbaren Rechten werden nur teilweise besteuert. Die Ermässigung darf höchstens 90 Prozent betragen.
- Inputförderung: Die Kantone können Unternehmen erlauben, mehr als die tatsächlichen Kosten für Forschung und Entwicklung zum Abzug zu bringen. Die Obergrenze liegt bei 150 Prozent.
- Zinsbereinigte Gewinnsteuer: Die Kantone können Unternehmen erlauben, auf überschüssigem Eigenkapital einen fiktiven Zins abziehen.
- Dividendenbesteuerung: Nur jene Kantone dürfen die zinsbereinigte Gewinnsteuer einführen, die Dividenden aus Beteiligungen ab 10 Prozent zu mindestens 60 Prozent besteuern. Heute können die Kantone die Höhe der Besteuerung selber festlegen.
- Stille Reserven: Bei Aufhebung des kantonalen Steuerstatus aufgedeckte stille Reserven werden während einer Übergangszeit gesondert besteuert. Auch zuziehende Unternehmen profitieren.
- Begrenzung: Patentbox, Inputförderung und zinsbereinigte Gewinnsteuer dürfen zusammengenommen zu einer steuerlichen Ermässigung von höchstens 80 Prozent führen.
- Kapitalsteuer: Die Kantone können bei der Kapitalsteuer auf Patenten und Beteiligungen Erleichterungen gewähren. Auch für Holdinggesellschaften kann die Kapitalsteuer ermässigt werden.
- Ergänzungsbeitrag: Für die ressourcenschwächsten Kantone wird während einer Übergangszeit ein Betrag von 180 Millionen Franken pro Jahr zur Verfügung gestellt. Die Modalitäten des Ressourcenausgleichs werden an die neuen steuerlichen Rahmenbedingungen angepasst.
- Tonnage Tax: Bei Schifffahrtsunternehmen soll nicht der Gewinn, sondern der Schiffsraum besteuert werden. Dieses Steuerprivileg haben die Räte jedoch aus der Unternehmenssteuerreform III herausgelöst und in einer gesonderten Vorlage untergebracht. Über diese wird später verhandelt.
- Stempelsteuer: Ebenfalls gesondert behandelt wird die Abschaffung der Emissionsabgabe auf Eigenkapital. Dadurch soll die vom Referendum bedrohte Vorlage entlastet werden.
- Die Kosten sind der Reform sind schwierig abzuschätzen. Einerseits beruhen die letzten Annahmen auf Grundlagen, die inzwischen drei Jahre alt sind. Andererseits sind verschiedene Massnahmen für die Kantone freiwillig. Als gesichert kann angenommen werden, dass die Unternehmenssteuerreform III den Bund weit über 1 Milliarde Franken pro Jahr kosten wird. Es handelt sich um eine statische Betrachtung. Zugrunde gelegt wird die Annahme, dass die betroffenen Unternehmen in der Schweiz bleiben.