Der Nationalrat hatte sich zunächst geweigert, die Ratifikation nur unter einer Bedingung zu erlauben. Am Donnerstag hat er nun oppositionslos dem Antrag der Einigungskonferenz zugestimmt. Dort hatte sich der Ständerat durchgesetzt.
Die Mehrheit sei von der politischen Notwendigkeit des Vorbehalts überzeugt, sagte Laurent Wehrli (FDP/VD). Juristisch sei dieser jedoch überflüssig. "Wir müssen klare Signale setzen", betonte Walter Müller (FDP/SG). Das gelte gegenüber dem Schweizer Volk, das den Zuwanderungsartikel angenommen habe. Auch die Verhandlungsposition des Bundesrats werde durch die Bedingung gestärkt.
Für den Bundesrat sei entscheidend, dass das Parlament noch in der laufenden Session entscheide, sagte Justizministerin Simonetta Sommaruga. Der Bundesrat habe bereits angekündigt, dass er das Protokoll ohnehin erst dann ratifizieren werde, wenn eine Einigung vorliege, die den Normenkonflikt zwischen der Rechtsordnung und dem Freizügigkeitsabkommen auflöse. Gelinge das nicht, müsse der Konflikt mit einer Verfassungsänderung gelöst werden.
Der Ständerat hatte auf einer Bedingung beharrt um zu verhindern, dass der Bundesrat dem Druck der Forschung nachgibt und und das Zusatzprotokoll ratifiziert, bevor die Voraussetzungen dafür gegeben sind. Seit Annahme der Masseneinwanderungsinitiative verbietet die Verfassung den Abschluss neuer völkerrechtlicher Verträge, die der Schweiz keine eigenständige Steuerung der Zuwanderung erlauben.
Das wäre der Fall, wenn die Personenfreizügigkeit auf Kroatien ausgedehnt wird, bevor die Verfassung geändert oder die Anwendung der Personenfreizügigkeit angepasst worden ist. Die Ratifikation des Kroatien-Protokolls ist jedoch Bedingung für die Teilnahme der Schweiz an der europäischen Forschungszusammenarbeit Horizon 2020.
Nach der Sistierung der Verhandlungen durch die EU wurden die beiden Themen in einem Übergangsabkommen miteinander verknüpft: Wird das Kroatien-Protokoll bis zum 9. Februar 2017 ratifiziert, ist die Schweiz automatisch voll assoziiertes Mitglied von Horizon 2020. Ansonsten hat sie den Status eines Drittstaates. Ausserdem müsste die Schweiz wegen der Diskriminierung Kroatiens wohl mit weiteren Gegenmassnahmen rechnen.