Par 9 voix contre 3, la CSSS-E propose à son conseil, au vote sur l'ensemble, d’adopter l'arrêté fédéral 4 du paquet Suisse-UE (Bilatérales III ; 26.023) relatif à l’accord sur la santé. Auparavant, elle était entrée en matière sur le projet par le même nombre de voix. La CSSS-E estime que l'accord est d'une grande utilité pour la sécurité sanitaire de la population suisse. Selon elle, la pandémie de COVID-19 a clairement démontré l'importance cruciale de la coopération internationale dans la lutte contre les risques sanitaires. En raison de la situation géographique de la Suisse, il est essentiel de prévoir des échanges étroits avec les autorités européennes. Au début des débats, la commission a recueilli des informations sur les coûts que l'accord sur la santé entraînera pour la Confédération, les cantons et les fournisseurs de prestations, sur les effets de l'accord sur la sécurité des aliments sur la législation suisse dans le domaine des médicaments à usage humain ou vétérinaire, ainsi que sur les liens avec le règlement sanitaire international de l'OMS. Une minorité propose de ne pas entrer en matière sur le projet.
Par 5 voix contre 4 et 3 abstentions, la commission a refusé de soumettre l'accord sur la santé au référendum obligatoire. Les Commissions de politique extérieure et les Commissions des institutions politiques se penchent sur la question fondamentale de savoir si les Bilatérales III, et en particulier la partie « stabilisation », doivent être soumises au référendum obligatoire. Indépendamment de cette discussion, la CSSS-E estime que l'accord sur la santé, dont le champ d'application est limité à la sécurité sanitaire, n'entraîne pas de conflits de normes qui pourraient justifier qu’on le soumette à un référendum obligatoire sui generis. Les conséquences de l'accord sur l'ordre juridique suisse sont globalement modestes. Une minorité de la commission considère que les éléments institutionnels contenus dans l'accord sur la santé constituent une atteinte profonde à la souveraineté de la Suisse. Elle propose donc de prévoir un référendum obligatoire.
La commission a siégé le 23 avril 2026 à Berne, sous la présidence du conseiller aux États Hannes Germann (UDC, SH) et, pour partie, en présence de la conseillère fédérale Elisabeth Baume-Schneider.