La Commission permanente est l'organe de direction de l'assemblée. Elle comprend le bureau de l'assemblée (le président, les cinq vice-présidents et le trésorier), les chefs des délégations des pays membres, ainsi que les présidents des commissions. La Commission permanente se réunit pendant les sessions plénières ainsi qu'une troisième fois durant l'année. Le bureau quant à lui fournit les orientations générales, coordonne les travaux des commissions, prépare l'ordre du jour des sessions et supervise les finances de l'assemblée. Le secrétaire général de l'AP OTAN dirige le secrétariat international et applique les politiques décidées par la Commission permanente.

Pour terminer, un des nouveaux objectifs de l'AP OTAN étant d'aider à la mise en place de mécanismes, de pratiques et de «savoir-faire» parlementaires indispensables à l'exercice d'un véritable contrôle démocratique des forces armées, elle coopère avec le Centre pour le contrôle démocratique des forces armées (DCAF) de Genève pour organiser une série de séminaires sur divers aspects des relations entre les secteurs civil et militaire.

A sa création en 1949, l'Organisation du Traité de l'Atlantique Nord (OTAN) ne s'est dotée d'aucun organe parlementaire. Le besoin s'est cependant rapidement fait sentir de pouvoir disposer d'un instrument parlementaire qui permette d'accompagner l'OTAN. Ainsi, l'idée d'une assemblée regroupant des parlementaires de l'Alliance en vue de délibérations sur les problèmes auxquels pourrait être confrontée l'OTAN a pour la première fois été émise au début des années 50 déjà. C'est finalement en 1955 qu'a eu lieu la première Conférence annuelle des parlementaires de l'OTAN. Cette conférence allait être institutionnalisée et devenir en 1966 l'Assemblée de l'Atlantique Nord (AAN). Les fondations de la coopération entre l'OTAN et l'Assemblée parlementaire de l'OTAN ont été jetées en novembre 1967 lorsque le Conseil de l'Atlantique Nord (CAN) a recommandé l'établissement de relations informelles entre les deux institutions. Conséquence de ces délibérations, le Secrétaire général de l'OTAN répond désormais, après consultation du CAN, à toutes les recommandations et résolutions adoptées durant les sessions plénières. Ce dernier participe également aux réunions plénières de l'AP OTAN. A l'inverse, le président de l'AP OTAN s'adresse aux chefs d'Etat et de gouvernement des pays de l'OTAN lorsque ceux-ci se réunissent en rencontre au sommet.

A la suite des événements historiques survenus à la fin de la Guerre froide, l'assemblée a élargi son mandat en 1991, date à partir de laquelle elle a accordé le statut de membre associé à des pays d'Europe centrale et orientale puis à la plupart des pays participants au Partenariat pour la Paix.

Les premiers contacts entre les deux assemblées ont été établis au début des années 90. En 1990, deux parlementaires américains, MM. Charlie Rose (Chambre des représentants) – qui occupait à l'époque les fonctions de président de l'AAN – et Bill Roth (Sénat), lançait le programme de séminaires et de conférences qui porte leur nom et qui avait pour objet d'approfondir la coopération avec les parlements d'Europe centrale et orientale. Par la suite, elle a élargi ce cercle aux pays neutres et autres participants au Partenariat pour la Paix.

Ainsi, depuis 1993, l'AAN a invité de manière ad hoc des représentants de notre parlement à envoyer des délégations à certaines manifestations qu'elle organisait, principalement des séminaires. A chaque fois que cela était possible et que les thèmes traités étaient d'intérêt, les bureaux y ont délégué les présidents des Commissions de politique de sécurité. C'est à l'occasion de la session annuelle de l'AAN qui a eu lieu à Paris en 1996 que l'Assemblée fédérale a, pour la première fois, été invitée à participer à une réunion plénière en tant qu'observatrice. En mars 1997 à Genève, le Parlement suisse organisait conjointement avec l'AAN un séminaire consacré au thème des neutralités en Europe, de leur sens et de leur avenir. Par la suite, l'Assemblée fédérale a participé systématiquement aux sessions, ainsi qu'à la plupart des séminaires organisés par l'AAN, respectivement par l'AP OTAN. A chaque fois, ce sont les présidents ou des membres des Commissions de politique de sécurité qui ont représenté l'Assemblée fédérale.

La Suisse occupe depuis le 31 mai 1999 le statut de membre associé auprès de l'AP OTAN. Ceci résulte d'une initiative des présidents des Commissions de politique de sécurité, l'ancien conseiller national Jean-Pierre Bonny et l'ancien conseiller aux Etats Eric Rochat, acceptée par les bureaux de l'Assemblée fédérale au début février 1999. En mars 2000 à Montreux, l'Assemblée fédérale organisait conjointement avec l'AP OTAN un second séminaire consacré à la participation de militaires aux opérations civiles et humanitaires. Le 15 février 2002, la conférence de coordination de l'Assemblée fédérale décidait, sur requête des présidents et vice-présidents des Commissions de politique de sécurité, d'élargir la délégation parlementaire suisse de deux à quatre membres. Cette demande visait deux objectifs: d'une part, couvrir l'ensemble des travaux des commissions de l'AP OTAN, et d'autre part, garantir une certaine continuité dans le suivi des dossiers et dans les contacts avec les autres délégations. Dans le cadre de l'élaboration de la nouvelle loi sur le Parlement ainsi que des actes législatifs qui y sont liés, la «Délégation AP OTAN» est devenue une délégation permanente de l'Assemblée fédérale.

Membre associé

En sa qualité de membre associé, la délégation suisse peut prendre part à presque toutes les activités des commissions et sous-commissions, à tous les séminaires et ceux relevant du Dialogue méditerranéen ainsi qu'aux sessions plénières. Durant celles-ci, les membres associés peuvent présenter des résolutions et déposer des amendements aux résolutions. Leurs délégués peuvent faire office de rapporteurs associés spéciaux au nom d'une commission, de manière à faire valoir leurs points de vue dans les rapports de l'assemblée. Ils ne peuvent toutefois ni voter sur les rapports ou les résolutions ni élire les dirigeants de l'AP OTAN. Ils ne contribuent pas non plus au budget de cette dernière. En tant que pays neutre, la Suisse ne peut et ne veut être membre à part entière de l'assemblée.