Les évaluations sont des enquêtes scientifiques réalisées selon une méthode précise.
Lorsqu'il est mandaté par les CdG pour exécuter une évaluation, le CPA suit la procédure suivante :
Le CPA effectue des recherches préliminaires sur la question et prend contact avec les services fédéraux concernés. Il élabore une esquisse de projet qui comprend généralement plusieurs propositions d'approches. La sous‑commission compétente des CdG décide des propositions qui seront retenues. A partir de ce moment, et jusqu'à la remise du rapport d'évaluation à la sous-commission, le CPA travaille en toute autonomie.