La taxe forfaitaire au tonnage, qui frapperait les sociétés maritimes en lieu et place des impôts sur le bénéfice et le capital, sera discutée dans un projet distinct. Le Conseil fédéral devrait se repencher sur cette mesure, réclamée par certains cantons comme Genève, et mener une procédure de consultation.
Le Parlement a en outre retiré de la réforme la suppression du droit de timbre d'émission sur le capital propre, qui entraînerait un manque à gagner fiscal de 228 millions pour la Confédération. Elle sera intégrée dans un projet global concernant aussi les droits de timbre de négociation et sur les primes d'assurance. Au total, celui-ci pourrait coûter deux milliards.