Un des divergences avec le Conseil des Etats porte sur la possibilité de soumettre à la TVA une prestation exclue du champ de l'impôt. Selon la Chambre des cantons, cette option ne devrait pas être offerte dans l'immobilier si le destinataire affecte ou compte affecter le bien exclusivement à des fins d'habitation. Le National veut limiter la restriction à une utilisation exclusive.
Par 93 voix contre 90 et 5 abstentions, le PLR et l'UDC en ont profité pour biffer une disposition sur la déduction de l'impôt préalable. Selon eux, elle n'aurait pas seulement frappé l'immobilier mais aussi les assurances, les maisons de jeu et le domaine financier. Ueli Maurer a critiqué l'impact de cette disposition sur les finances fédérales.
Subventions
D'autres divergences ont été maintenues. Les interventions des sapeurs-pompiers sur les routes nationales, subventionnées par l'Etat et assumées par les communes, ne devraient ainsi pas être exemptées de TVA.
La Chambre des cantons avait souhaité légiférer, estimant que l'imposition de certaines prestations avait un impact négatif sur le montant des subventions versées. Le National a refusé de suivre par 164 voix contre 12. Il estime que la solution choisie par les sénateurs crée davantage de problèmes qu'elle n'en résout.
Toutes les prestations des collectivités publiques seraient exonérées. Cela créerait en outre une inégalité de traitement avec les entreprises privées, a fait valoir Dominique de Buman (PDC/FR) au nom de la commission. S'il y a lieu de légiférer, cela devrait se faire dans un projet distinct, moyennant une procédure de consultation.
Immobilier
Par 98 voix contre 87, la Chambre du peuple a également refusé de préciser que dans l'immobilier, la TVA sera prélevée si les travaux de construction ou de transformation ont été lancés après la conclusion du contrat ou de la promesse de vente. Cet ajout vise à ancrer la pratique développée par l'Administration fédérale des contributions mais que le PLR et l'UDC jugent contestables.
Ces partis avaient soutenu une motion, désormais enterrée, qui demandait d'élargir l'exemption dont bénéficie l'achat d'immeuble à la construction en se fondant sur le moment auquel le contrat d'achat déploie ses effets économiques. Comme le transfert des profits et des risques peut aussi être opéré rétroactivement, la mise en œuvre se serait traduite par des pertes fiscales pouvant atteindre 140 millions de francs par an.
Redevance
Ces points font partie d'une réforme hétéroclite de la TVA, qui va de la taxation des commandes sur Internet à la protection des PME en zone frontalière, en passant par les places de stationnement et les oeuvres d'art.
Plusieurs dispositions ajoutées par le Conseil des Etats ont été adoptées. L'exemption de TVA dont bénéficie la redevance radio-télévision, comme le demandait le Tribunal fédéral, est désormais ancrée dans la loi.
En avril 2015, les juges de Mon-Repos ont jugé que la redevance ne constituait pas une contrepartie d'une prestation fournie par la Confédération. Or la nouvelle loi sur la radio et la télévision, acceptée par le peuple en juin 2014, stipulait expressément le prélèvement d'une TVA sur la future redevance.
Prescription
Après que les deux Chambres ont refusé de porter le délai de prescription absolue de 10 à 15 ans dans la TVA, le National a accepté par 128 voix contre 59 que la prescription ne soit pas suspendue au moment de l'ouverture d'une procédure pénale, mais lorsque la procédure a été annoncée au débiteur, conformément au droit en vigueur.
Enfin, la Chambre du peuple a accepté d'adoucir l'exigence de la preuve que la Confédération n'a pas subi de préjudice lorsqu'un taux de TVA trop élevé est facturé.