Selon la socialiste vaudoise, la reconnaissance des minorités religieuses serait un acte politique très fort, afin d'éviter les stigmatisations. Notamment face aux musulmans qui n'ont aucun lien avec le terrorisme. La discussion a été lancée dans plusieurs cantons.
Plusieurs pistes pourraient être examinées pour une reconnaissance: nombre de croyants, nombre d'années d'implantation en Suisse, services d'intérêt public ou prestations sociales offertes. Il pourrait même être question de financer les communautés religieuses. Cette solution s'accompagnerait de l'interdiction de recourir aux fonds provenant des pays en conflit ou sulfureux.
Le Conseil fédéral n'estimait pas nécessaire de refaire le point sur les diverses possibilités de reconnaissance des communautés religieuses, des études sur le sujet étant déjà parues. Tout en soulignant l'importance de la question des entre Etat et religion, il veut s'en tenir à ce que prévoit actuellement la constitution.
La Confédération et les cantons peuvent, dans la limite de leurs compétences respectives, prendre des mesures propres à maintenir la paix entre les membres des diverses communautés religieuses. Mais la réglementation des relations entre l'Etat et l'Eglise est du ressort exclusif des cantons. Genève et Neuchâtel sont les deux seuls à être laïcs.