Selon lui, on a eu tort de détacher en 2010 le MPC de l'administration fédérale au motif de garantir son indépendance. La poursuite pénale n'est pas une tâche judiciaire mais exécutive. En raison de son autonomie, le MPC ne peut être surveillé que par l'Autorité de surveillance du MPC. Or, il est difficile de doter celle-ci de personnes compétentes.
Autres arguments avancés par M. Heer: le MPC n'a pas accès à la police fédérale, celle-ci étant toujours subordonnée au DFJP. De plus, la répartition des compétences entre les commissions de gestion des Chambres fédérales et l'Autorité de surveillance du MPC n'est pas claire.
Le National n'a pas partagé ces positions. A ses yeux, le MPC est un organe judiciaire en soi, qui doit rester indépendant de l’exécutif. Le fonctionnement du MPC peut certes encore être amélioré, mais il n’y a pas lieu de revenir sur la réorganisation de 2010, qui garantit la surveillance du MPC par une autorité indépendante dont les membres sont élus par le Parlement.
L’indépendance du Ministère public est un élément central de l’Etat de droit et doit absolument être préservée, estime la majorité du National.