Selon le motionnaire, cette mesure permettrait d'alléger la charge administrative de la majorité des PME. Deux tiers d'entre elles utilisent la méthode du décompte effective.
Le Conseil fédéral a émis des doutes. Le décompte est largement automatisé. Selon une étude, les coûts liés à la TVA supportés par les entreprises qui appliquent la méthode effective se montent en moyenne à 6700 francs par an. Les décomptes trimestriels de la TVA représentent 200 francs environ. Les entreprises n'économiseraient donc que 100 francs avec des décomptes semestriels.
La Confédération pourrait en revanche perdre beaucoup. Pour que les périodes de décompte puissent correspondre avec les dates de bouclement, il faudrait qu'elles arrivent à échéance le 31 décembre ou le 30 juin. Les finances fédérales devraient affronter une diminution de recettes de 3,5 milliards au cours de l'année de passage au décompte semestriel.
D'après le gouvernement, le décompte trimestriel reste attrayant pour des raisons de liquidités. Les entreprises peuvent obtenir rapidement le remboursement des excédents d'impôt préalable sans pour autant devoir passer au décompte mensuel.