Depuis 2010, une distinction est faite en matière de TVA entre la prescription du droit de taxation et la prescription du droit d'exiger le paiement de l'impôt. Pour la taxation, le délai de prescription relatif est de cinq ans et le délai absolu de dix ans.
Le délai de prescription recommence à courir après chaque interruption. Cependant, une interruption par l'Administration fédérale des contributions, le Tribunal administratif fédéral ou le Tribunal fédéral entraîne une réduction à deux ans du délai relatif.
Pour ce qui est de la prescription du droit d'exiger le paiement de l'impôt, les délais relatif et absolu sont aussi de cinq ans et de dix ans respectivement, mais ne sont pas réduits en cas d'interruption.
L'impôt fédéral direct connaît, pour sa part, un délai relatif de cinq ans et un délai absolu de quinze ans. Dans les domaines de l'impôt anticipé et des droits de timbre, seul un délai relatif de cinq ans est appliqué. Il recommence à courir après chaque interruption. Aucune distinction n'est faite entre la prescription du droit de taxation et la prescription du droit d'exiger le paiement de l'impôt.
Aucun lien
Selon les sénateurs, il n’y a aucun lien entre l’impôt anticipé, les droits de timbre et la TVA. L’impôt anticipé, en particulier, devrait être comparé à l’impôt sur le revenu, et non à la TVA.
Une réduction du délai de prescription risquerait de compromettre la fonction de garantie. En outre, si le délai de prescription après une interruption était réduit, il deviendrait difficile pour les tribunaux de clore les éventuelles procédures dans les délais impartis.
Dans le système actuel, qui prévoit un délai relatif de cinq ans en matière d’impôt anticipé et de droits de timbre, les sociétés savent, une fois le délai échu, si une procédure est en cours et si des documents relatifs à leurs activités doivent encore être conservés, a expliqué Pirmin Bischof (PDC/SO) au nom de la commission.