Le texte demandait à l’origine que toutes les STEP luttent plus efficacement contre les micropolluants. Mais le Conseil des Etats, comme le gouvernement, a estimé que cela doit se limiter aux STEP dont le déversement des eaux usées épurées entraîne des dépassements des valeurs limites.
Il s’agit de lutter contre la pollution là où c’est nécessaire. Environ 60% des micropolluants présents dans les eaux proviennent des STEP ainsi que de l'industrie et de l'artisanat, 40% de l'agriculture.
L’équipement de toutes les STEP conduirait à un rapport coût-utilité défavorable. Selon le Conseil fédéral, pour équiper l'ensemble des STEP du pays, il faudrait multiplier par cinq le montant de la taxe sur les eaux usées. Au vu des moyens importants que cela nécessite, les communes devraient regrouper les petites installations.